Это может звучать как очень общий вопрос, но здесь он идет.
У меня есть требование создать configure script для моего приложения, результатом этого configure будет сгенерированный makefile (базовый configure, make, make install). Мой вопрос: где я начинаю строить это? Можно ли привести пример?
Чтобы создать стандартный "configure" script, вам понадобится GNU autoconf. Возможно, вам понадобится автомат GNU и libtool.
Есть тонны документации и howtos. Google для чего-то вроде "autoconf automake howto". Хорошая документация находится на официальных страницах руководства:
Autoconf создаст вашу конфигурацию script, начиная с файла "configure.ac". Файл "Makefile.am" будет инструктировать automake о том, как создать ваш make файл в строке конфигурации. Libtool необходим для упрощения обработки библиотек вокруг вашего кода.
Вы можете начать создание файла configure.ac вручную, или вы можете использовать помощник "autoscan", который может помочь вам создать что-то полуавтоматическое для вас.
Затем, когда вы будете готовы, этот будет делать магию:
autoreconf -i
есть поток сборки в Linux 
и есть очень хороший учебник
https://thoughtbot.com/blog/the-magic-behind-configure-make-make-install
Иногда программный продукт поставляется без конфигурации script. Найдите autogen.sh script. он, вероятно, будет работать:
aclocal || die "aclocal failed"
automake --add-missing --force-missing --copy --foreign || die "automake failed"
autoreconf || die "autoreconf failed"