Это приведет к следующему тестовому содержимому CLASSPATH:
/foo/C.class
/a.xml
/foo/b.xml
Чтобы получить доступ к файлам из источника Java, используйте
getClass().getResource("/MainConfig.xml").getFile().
Ответ 2
Я думаю, setMainConfig ожидает путь к ресурсу, который будет загружаться с использованием ClassLoader, а не относительный путь к файлу. Это поможет, если вы связались с javadoc этого таинственного метода configService.setMainConfig.
Если мое предположение верно, то путь должен быть только MainConfig.xml. Mave копирует содержимое src/test/resources в папку target/test-classes (IIRC). И эта папка тестовых классов находится в пути к классу модульных тестов.