TypeError: принуждение к Unicode: нужна строка или буфер

Этот код возвращает следующее сообщение об ошибке:

с открытым (infile, mode = 'r', buffering = -1) как in_f, open (outfile, mode = 'w', buffering = -1) как out_f: TypeError: принуждение к Unicode: нужна строка или буфер, найденный файл

# Opens each file to read/modify
infile=open('110331_HS1A_1_rtTA.result','r')
outfile=open('2.txt','w')

import re

with open (infile, mode='r', buffering=-1) as in_f, open (outfile, mode='w', buffering=-1) as out_f:
    f = (i for i in in_f if i.rstrip())
    for line in f:
        _, k = line.split('\t',1)
        x = re.findall(r'^1..100\t([+-])chr(\d+):(\d+)\.\.(\d+).+$',k)
        if not x:
            continue
        out_f.write(' '.join(x[0]) + '\n')

Пожалуйста, помогите мне.

Ответ 1

Вы пытаетесь открыть каждый файл дважды! Сначала вы выполните:

infile=open('110331_HS1A_1_rtTA.result','r')

а затем снова передайте infile (который является файловым объектом) функции open:

with open (infile, mode='r', buffering=-1)

open, конечно, ожидает, что его первым аргументом будет имя файла, а не открытый файл!

Откройте файл только один раз, и все будет в порядке.

Ответ 2

Вы пытаетесь передать файловые объекты в имена файлов. Попробуйте использовать

infile = '110331_HS1A_1_rtTA.result'
outfile = '2.txt'

в верхней части кода.

(Не только удвоенное использование open() вызывает эту проблему при попытке открыть файл снова, это также означает, что infile и outfile никогда не закрываются во время выполнения, хотя они, вероятно, будут закрываться после завершения программы.)

Ответ 3

Для менее конкретного случая (а не только кода в вопросе - поскольку это один из первых результатов в Google для этого общего сообщения об ошибке. Эта ошибка также возникает при запуске определенной команды os с аргументом None.

Например:

os.path.exists(arg)  
os.stat(arg)

Поднимет это исключение, если arg - None.