Возможно, в будущем с Docker 1.x возможно создать плагин с функциями Android вместо LXC. Но на данный момент вам нужно будет создать пользовательское ядро Android, а затем создать для него LXC.
Это зависит от того, скомпилировано это ядро с необходимыми функциями для запуска контейнеров. Если это так, то Docker можно использовать на Android (особенно Docker 0.7, который сейчас находится в статусе кандидата в релизе и больше не требует AUFS).