ssh будет искать свои ключи по умолчанию в папке ~/.ssh. Я хочу заставить его всегда смотреть в другом месте.
Обходной путь, который я использую, заключается в том, чтобы добавить к агенту ключи из нестандартного местоположения:
ssh-agent
ssh-add /path/to/where/keys/really/are/id_rsa
(в оболочке Linux и MingW32 в Windows)