Как игнорировать каталог в корневом каталоге моего репозитория git, но включать его далее в дерево?

Мне нужно использовать .gitignore, чтобы исключить каталог из корня моего репозитория. Однако другие каталоги с тем же именем существуют глубже в дереве каталогов, и мне нужны те, которые будут включены. Похоже, что когда я помещаю имя каталога в .gitignore, он ловит все эти каталоги, а не только тот, который мне нужно игнорировать. Я понимаю, что .gitignore на самом деле не список файлов, а шаблонов. Итак, как я могу построить шаблон, чтобы игнорировать только файл в корневом каталоге, но не файлы с тем же именем ниже?