Я пытаюсь установить Bioconductor в R, используя код на своем веб-сайте. Когда я ввожу код (см. Ниже), я получаю сообщение об ошибке, в котором говорится, что некоторые пакеты не могут быть обновлены, путь установки является неприемлемым.
> ## try http:// if https:// URLs are not supported
> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor version 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), ?biocLite for help
> biocLite()
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), R 3.3.2 (2016-10-31).
installation path not writeable, unable to update packages: Matrix, mgcv,
выживаемости
Я могу установить этот пакет, перейдя в пакеты/установочные пакеты.
> utils:::menuInstallPkgs()
trying URL 'https://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/windows/contrib/3.3/Matrix_1.2-8.zip'
Content type 'application/zip' length 2775038 bytes (2.6 MB)
downloaded 2.6 MB
trying URL 'https://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/windows/contrib/3.3/mgcv_1.8- 16.zip'
Content type 'application/zip' length 2346257 bytes (2.2 MB)
downloaded 2.2 MB
trying URL 'https://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/windows/contrib/3.3/survival_2.40-1.zip'
Content type 'application/zip' length 5109948 bytes (4.9 MB)
downloaded 4.9 MB
package ‘Matrix’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘mgcv’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘survival’ successfully unpacked and MD5 sums checked
The downloaded binary packages are in
C:\Users\stxeb8\AppData\Local\Temp\Rtmp2tQZ4v\downloaded_packages
Затем я могу перейти к пакетам/загрузкам и загрузить их успешно и выполнить поиск и посмотреть, что пакеты там.
> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available = TRUE)),graphics=TRUE)
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)})
Loading required package: nlme
This is mgcv 1.8-16. For overview type 'help("mgcv-package")'.
> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available = TRUE)),graphics=TRUE)
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)})
> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available = TRUE)),graphics=TRUE)
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)})
> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available = TRUE)),graphics=TRUE)
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)})
> search()
[1] ".GlobalEnv" "package:survival" "package:mgcv"
[4] "package:nlme" "package:Matrix" "package:BiocInstaller"
[7] "package:stats" "package:graphics" "package:grDevices"
[10] "package:utils" "package:datasets" "package:methods"
[13] "Autoloads" "package:base"
Но затем, когда я иду на установку биокондуктора, он дает мне такое же сообщение об ошибке, что Matrix, mgcv и выживание не могут быть обновлены.
> ## try http:// if https:// URLs are not supported
> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor version 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), ?biocLite for help
> biocLite()
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), R 3.3.2 (2016-10-31).
installation path not writeable, unable to update packages: Matrix, mgcv,
survival
Что я могу сделать, чтобы обновлять эти пакеты, чтобы установить биокондуктор?
