У меня есть эта ошибка при настройке непрерывной интеграции на сервере TFS, но уже нашел ответ. Возможно, это поможет другим:
The imported project "C:\Program Files (x86)\
MSBuild\Microsoft\VisualStudio\v10.0\WebApplications\
Microsoft.WebApplications.targets" was not found.