Участок множественного ящика в одном графике

Я сохранил свои данные в виде файла .csv с 12 столбцами. Столбцы с 2 по 11 (помечены как F1, F2, ..., F11) - features. Column one содержит label этих функций либо good, либо bad.

Я хотел бы построить a boxplot из всех этих 11 признаков по сравнению с label, но отдельно от good или bad. До сих пор мой код:

qplot(Label, F1, data=testData, geom = "boxplot", fill=Label, 
          binwidth=0.5, main="Test") + xlab("Label") + ylab("Features")

Однако это показывает только F1 в отношении label.

Мой вопрос: как показать F2, F3, ..., F11 против label в одном графике с некоторым dodge position? Я нормализовал функции, поэтому они находятся в одном масштабе в диапазоне [0 1].

Тестовые данные можно найти здесь. Я нарисовал что-то вручную, чтобы объяснить проблему (см. Ниже).

Ответ 1

Вы должны получить свои данные в определенном формате, расплавив свои данные (см. ниже, как выглядят похожие данные). В противном случае, что вы сделали, похоже, все в порядке.

require(reshape2)
df <- read.csv("TestData.csv", header=T)
# melting by "Label". `melt is from the reshape2 package. 
# do ?melt to see what other things it can do (you will surely need it)
df.m <- melt(df, id.var = "Label")
> df.m # pasting some rows of the melted data.frame

#     Label variable      value
# 1    Good       F1 0.64778924
# 2    Good       F1 0.54608791
# 3    Good       F1 0.46134200
# 4    Good       F1 0.79421221
# 5    Good       F1 0.56919951
# 6    Good       F1 0.73568570
# 7    Good       F1 0.65094207
# 8    Good       F1 0.45749702
# 9    Good       F1 0.80861929
# 10   Good       F1 0.67310067
# 11   Good       F1 0.68781739
# 12   Good       F1 0.47009455
# 13   Good       F1 0.95859182
# 14   Good       F1 1.00000000
# 15   Good       F1 0.46908343
# 16    Bad       F1 0.57875528
# 17    Bad       F1 0.28938046
# 18    Bad       F1 0.68511766

require(ggplot2)
ggplot(data = df.m, aes(x=variable, y=value)) + geom_boxplot(aes(fill=Label))

Изменить: Я понимаю, что вам может понадобиться фасет. Здесь также реализована реализация:

p <- ggplot(data = df.m, aes(x=variable, y=value)) + 
             geom_boxplot(aes(fill=Label))
p + facet_wrap( ~ variable, scales="free")

Изменить 2: Как добавить x-labels, y-labels, title, изменить legend heading, добавить jitter?

p <- ggplot(data = df.m, aes(x=variable, y=value)) 
p <- p + geom_boxplot(aes(fill=Label))
p <- p + geom_jitter()
p <- p + facet_wrap( ~ variable, scales="free")
p <- p + xlab("x-axis") + ylab("y-axis") + ggtitle("Title")
p <- p + guides(fill=guide_legend(title="Legend_Title"))
p

Изменить 3:. Как выровнять geom_point() указывает на центр квадратного графика? Это можно сделать, используя position_dodge. Это должно работать.

require(ggplot2)
p <- ggplot(data = df.m, aes(x=variable, y=value)) 
p <- p + geom_boxplot(aes(fill = Label))
# if you want color for points replace group with colour=Label
p <- p + geom_point(aes(y=value, group=Label), position = position_dodge(width=0.75))
p <- p + facet_wrap( ~ variable, scales="free")
p <- p + xlab("x-axis") + ylab("y-axis") + ggtitle("Title")
p <- p + guides(fill=guide_legend(title="Legend_Title"))
p

Ответ 2

Поскольку вы не упоминаете пакет сюжетов, я предлагаю здесь использовать версию Lattice (я думаю, что есть больше ответов ggplot2, чем решетчатые, по крайней мере, так как я здесь, в SO).

 ## reshaping the data( similar to the other answer)
 library(reshape2)
 dat.m <- melt(TestData,id.vars='Label')
 library(lattice)
 bwplot(value~Label |variable,    ## see the powerful conditional formula 
        data=dat.m,
        between=list(y=1),
        main="Bad or Good")

Ответ 3

Используя базовую графику, мы можем использовать at = для управления положением блока, в сочетании с boxwex = для ширины блоков. 1-й оператор boxplot создает пустой график. Затем добавьте 2 следа в следующих двух утверждениях.

Обратите внимание, что в дальнейшем мы используем df[,-1] чтобы исключить 1-й столбец (id) из значений для построения. Для разных фреймов данных может потребоваться изменить это на подмножество для тех столбцов, которые содержат данные, которые вы хотите построить.

boxplot(df[,-1], boxfill = NA, border = NA) #invisible boxes - only axes and plot area
boxplot(df[df$id=="Good", -1], xaxt = "n", add = TRUE, boxfill="red", 
  boxwex=0.25, at = 1:ncol(df[,-1]) - 0.15) #shift these left by -0.15
boxplot(df[df$id=="Bad", -1], xaxt = "n", add = TRUE, boxfill="blue", 
  boxwex=0.25, at = 1:ncol(df[,-1]) + 0.15) #shift to the right by +0.15

Некоторые фиктивные данные:

df <- data.frame(
  id = c(rep("Good",200), rep("Bad", 200)),
  F1 = c(rnorm(200,10,2), rnorm(200,8,1)),
  F2 = c(rnorm(200,7,1),  rnorm(200,6,1)),
  F3 = c(rnorm(200,6,2),  rnorm(200,9,3)),
  F4 = c(rnorm(200,12,3), rnorm(200,8,2)))

Ответ 4

ggplot версия решетки:

library(reshape2)
library(ggplot2)
df <- read.csv("TestData.csv", header=T)
df.m <- melt(df, id.var = "Label")

ggplot(data = df.m, aes(x=Label, y=value)) + 
         geom_boxplot() + facet_wrap(~variable,ncol = 4)

Plot:

Ответ 5

Я знаю, что это немного более старый вопрос, но у меня он тоже был, и хотя принятые ответы работают, есть способ сделать что-то подобное без использования дополнительных пакетов, таких как ggplot или lattice. Это не так хорошо, потому что боксы перекрываются, а не показываются рядом, но:

boxplot(data1[,1:4])
boxplot(data2[,1:4],add=TRUE,border="red")

Это помещает в два набора коробочных графиков, второй из которых имеет контур (без заливки) красным, а также выделяет выбросы красным. Приятно то, что он работает для двух разных фреймов данных, а не пытается изменить их. Быстрый и грязный путь.

Ответ 6

В базе R формула интерфейс с взаимодействиями (:) может быть использовано для достижения этой цели.

df <- read.csv("~/Desktop/TestData.csv")
df <- data.frame(stack(df[,-1]), Label=df$Label) # reshape to long format

boxplot(values ~ Label:ind, data=df, col=c("red", "limegreen"), las=2)