Как визуализировать корреляционную матрицу как схему в Matlab

У меня есть 42 переменных, и я вычислил корреляционную матрицу для них в Matlab. Теперь я хотел бы визуализировать его с помощью schemaball. Есть ли у кого-нибудь какие-либо предложения/примеры того, как это можно сделать в Matlab? Следующие снимки объяснят мою точку зрения лучше:

В изображениях каждая парабола между переменными будет означать силу корреляции между ними. Чем толще линия, тем больше корреляция. Я предпочитаю стиль изображения 1 больше, чем стиль на картинке 2, где я использовал разные цвета, чтобы подчеркнуть силу корреляции.

Ответ 1

Kinda закончен, я думаю.. код можно найти здесь, в github. Документация включена в файл.

Желтый/пурпурный цвет (для положительной/отрицательной корреляции) настраивается, а также шрифт ярлыков и углы, на которых нанесены метки, поэтому вы можете получить фантазию, если хотите, и равномерно распределить их вдоль периметр/группа некоторые /...

Если вы хотите фактически напечатать эти графики или использовать их за пределами matlab, я предлагаю использовать векторные форматы (например, eps). Это также раздражает то, что текст изменяется при изменении масштаба изображения, но я не знаю, как это исправить, не взломав функцию масштабирования:/

schemaball % demo

schemaball(arrayfun(@num2str,1:10,'uni',false), rand(10).^8,11,[0.1587 0.8750],[0.8333 1],2*pi*sin(linspace(0,pi/2-pi/20,10)))

schemaball(arrayfun(@num2str,1:50,'uni',false), rand(50).^50,9)

Ответ 2

Я закончил и отправил мою версию в FEX: schemaball и обновит ссылку как можно скорее.

Есть некоторые отличия от вклада Gunther Struyf:

Вы можете вернуть дескрипторы графическому объекту для полной ручной настройки
Ярлыки ориентированы так, чтобы обеспечить максимальную читаемость слева направо.
Рисунок растягивается, чтобы вставлять метки, оставляя оси без изменений
Синтаксис требует только матрицы корреляций (но допускает дополнительные входы)
Оптимизирован для производительности.

Следуйте примерам демонстрационных, пользовательских ярлыков и настроек объявлений. Примечание: первая цифра экспортировалась с saveas(), все остальные с export_fig.

schemaball

x      = rand(10).^3;
x(:,3) = 1.3*mean(x,2);
schemaball(x, {'Hi','how','is','your','day?', 'Do','you','like','schemaballs?','NO!!'})

h = schemaball;
set(h.l(~isnan(h.l)), 'LineWidth',1.2)
set(h.s, 'MarkerEdgeColor','red','LineWidth',2,'SizeData',100)
set(h.t, 'EdgeColor','white','LineWidth',1)

Цвета по умолчанию:

Чтобы улучшить рендеринг на экране, вы можете запустить MATLAB с помощью экспериментального переключателя -hgVersion 2, который по умолчанию создает анти-алиасную графику (источник: Обновление HG2 | Недокументированный Matlab). Тем не менее, если вы попытаетесь сохранить фигуру, файл будет иметь обычный старый сглаженный рендеринг, поэтому здесь будет изображение с изображением экрана Гюнтера:

Ответ 3

Важное обновление:

Теперь вы можете сделать это в Matlab с представлением FileExchange:

http://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/48576-circulargraph

Здесь приведен пример использования Matlab:

http://uk.mathworks.com/examples/matlab/3859-circular-graph-examples

Что дает такие красивые сюжеты:

Ответ 4

Кстати, Cleve Moler (Математический математик MathWorks) показал пример такого рода сюжетов в своем последнем сообщении в блоге (не так как как в вашем примере, а соединительные линии прямые, а не параболические, но выглядят функционально). К сожалению, он не включил код напрямую, но если вы оставите ему комментарий к сообщению, он обычно очень хочет поделиться вещами.

Что может быть еще лучше для вас, так это то, что он также применяет (и на этот раз) код, чтобы переставлять строки/столбцы массива, чтобы максимизировать пространственную близость узлов с высокой степенью связывания, а не произвольно упорядочивать их вокруг длина окружности. В итоге вы получаете "полумесяц" в виде огибающей соединительных линий, причем толстая часть полумесяца представляет собой наиболее высокосвязные узлы.

К сожалению, однако, я подозреваю, что если вам нужно усилить его код, чтобы получить очень узкие линии с высоким разрешением в ваших примерах, то MATLAB в настоящее время не сглаживает графику еще не совсем.

Ответ 5

Недавно я экспериментировал с данными MATLAB и D3 visualization library для похожих графиков - существует несколько связанных типов круговых визуализаций, которые вы можете быть заинтересованным, и многие из них являются интерактивными. Еще один полезный, искушенный и свободно доступный вариант - Circos, который, вероятно, отвечает за большинство более симпатичных версий этих графиков, которые у вас есть видел в популярной прессе.