Итак, у меня почти такая же проблема, как @Jamescoo, но я думаю, что моя проблема исходит из того, что я уже позиционировал пару DIV для создания скользящей навигационной панели.
Здесь моя точная настройка реплицирована: http://jsfiddle.net/ZBQ8U/2/
BONUS: Не стесняйтесь брать код для скользящей панели, если хотите:)
Z-индексы не должны конфликтовать, и их значения показывают, что они правильно стекируются, но визуально они не являются.
Как только вы нажмете кнопку "Open Modal", <div class="modal-backdrop fade in"></div>
охватывает все! (вам нужно будет повторно запустить код до reset it)
Я не знаю, как это исправить... Любые идеи?