Xcode, похоже, считает, что тэг <comment> повреждает данные. Он также вычеркнет XML-стиль <!-- comments --> при просмотре plist в Xcode. Кажется, что запись строки, например
<key>Comment</key>
<string>My comment</string>
- это единственный способ надежно сохранить комментарии.