ПРИМЕЧАНИЕ в R CRAN Check: нет набора репозитория, поэтому циклическая проверка зависимостей пропущена

Ответ 1

От написания расширений R

Для проверки циклических деклараций в файлах DESCRIPTION нужны репозитории (включая CRAN): сделайте это в ~/.Rprofile, например,

options(repos = c(CRAN="http://cran.r-project.org"))

Рекомендуется

Пользователь должен дважды проверить, находится ли его .Rprofile в его доме и что он содержит указанную опцию.

# in R session (any platform)
# where is my profile?
file.path(Sys.glob("~"),".Rprofile")
# is it there?
file.exists(file.path(Sys.glob("~"),".Rprofile"))

Или из сеанса R с использованием дополнительного пакета:

library(pathological)
r_profile()

Пользователь должен дважды проверить, не вложен ли элемент в состояние IF, как в следующем коде:

# this will not help for R CMD check --as-cran
if(interactive()) {
options(repos = c(CRAN="http://cran.r-project.org"))
}

Сухой ход для любой платформы

Здесь R script готовит легкий временный случай пакета R для тестирования, помогая быстрее находить то, что происходит неправильно в вашем локальном использовании. Этот aproach помог мне найти то, что было не так в файле .Rprofile, и, как правило, может помочь настроить рабочее начальное состояние. В лучшем случае контрольный прогон должен показывать только 1 ПРИМЕЧАНИЕ о новом представлении.

• сначала скопируйте/вставьте код и введите его в свой сеанс R (--vanilla предпочтительно)
• затем запустите команду, напечатанную script, чтобы проверить тестовый пример --as-cran.

Пример

# for example
R --vanilla -f makePackage.R
# here the resulting package path is as below
R --no-site-file CMD check --as-cran /tmp/pkgtest
# now see the check log

Если ваш .Rprofile не существует, он будет создан и в любом случае будет помещена одна новая строка в конце файла.

makePackage.R script

# makePackage.R
# makes simple package for playing with check --as-cran

# copy this content to file makePackage.R
# then source it into your R --vanilla session

name <- "pkgtest"

#
# prepare and adjust package template
#

tempbase <- dirname(tempdir())
e <- new.env()
path <- dirname(tempdir())

# make simple package in path
e$fu <-  function(){"Hello"}
package.skeleton(name=name,force=T,path=path,environment=e)
nil <- file.remove(
    file.path(path,name,'Read-and-delete-me'),
    file.path(path,name,'man',paste0(name,'-package.Rd'))
    )

# adjust DESCRIPTION
D <- readLines(file.path(path,name,"DESCRIPTION"))
D[grepl("^Title: ",D)] <- "Title: Testing Skeleton"
D[grepl("^Author: ",D)] <- "Author: John Doe"
D[grepl("^Description: ",D)] <- "Description: Checking --as-cran check."
D[grepl("^Maintainer: ",D)] <- "Maintainer: John Doe <[email protected]>"
D[grepl("^License: ",D)] <- "License: GPL (>= 2)"
write(D,file.path(path,name,"DESCRIPTION"))

# make fu.Rd
write(
"\\name{fu}\\alias{fu}\\title{Prints}\\description{Prints}
\\usage{fu()}\\examples{fu()}",
file.path(path,name,'man','fu.Rd'))

#
# ensure that .Rprofile contains repos option 
# add fresh new line et the end of .Rprofile
# 

userRp <- file.path(Sys.glob("~"),".Rprofile")
write("options(repos = c(CRAN='http://cran.r-project.org'))",file=userRp, append=TRUE)

#
# print final message
#

msg <- sprintf("
Your test package was created in %s,
under name %s,
your user .Rprofile in %s was modified (option repos),
now check this test package from command line by command:

R --no-site-file CMD check --as-cran %s
", path, name,  userRp, file.path(path,name) 
)

# now is time to check the skeleton
message(msg)

Проверка пакета

# replace package-path by the path adviced by the sourcing the script above
R --no-site-file CMD check --as-cran package-path

Существует профиль пользователя и профиль сайта, в подходе выше вы обходите профиль сайта (на втором шаге) с помощью опции --no-site-file для опции скелета пакета.

Ошибки PDF

Вы можете столкнуться с ошибками, связанными с PDF и латексом, что очень вероятно вызвано отсутствием или неполностью установки латекса. Ycan использует параметр --no-manual, чтобы пропустить PDF-тесты.

R --no-site-file CMD check --no-manual --as-cran /tmp/pkgtest

Ответ 2

Ответ выше работает только для Linux. В Windows мне пришлось использовать другой метод. Когда я попытался собрать и проверить свой новый пакет в R 3.2.0 в Windows 7, я получил ту же ошибку:

checking package dependencies ... NOTE
No repository set, so cyclic dependency check skipped

Я попытался создать файл .Rprofile в моем новом корневом каталоге пакета, но это не сработало. Вместо этого мне пришлось перейти к:

C:\Program Files\R\R-3.2.0\etc

и отредактируйте файл:

Rprofile.site

В файле Rprofile.site я добавил предложенную строку:

options(repos = c(CRAN="http://cran.r-project.org"))

После того как я отредактировал файл Rprofile.site, ПРИМЕЧАНИЕ "Нет набора репозитория, поэтому циклическая проверка зависимостей пропущена", наконец, исчезла.