Я помню, что существует способ маркировки раздела кода в eclipse (специальный комментарий или аннотация?), который заставил автоформаттеры игнорировать этот раздел. Или, может быть, у меня это получилось...
Используется, главным образом, когда у меня есть строки, которые переносятся на несколько строк, и я не хочу, чтобы автоформат менял это.