Будет ли это навредить? Служит ли он для каких-либо целей, кроме указания браузеров, которые у вас установлены .net?
Мне нравится эта статья об изменении заголовка на Pure Evil. Genius!
http://www.iishacks.com/index.php/2009/11/11/remove-x-powered-by-aspnet-http-response-header/