git add <path> теперь совпадает с "git add -A <path>", так что "git add dir/" увидит пути, которые вы удалили из каталога, и запишите удаление. В старых версиях Git, "git add <path>" используется для игнорирования удаления.
Вы можете сказать "git add --ignore-removal <path>", чтобы добавьте только добавленные или измененные пути в <path>, если вы действительно этого хотите.
git add -u будет работать со всем деревом в git 2.0 для согласованности с "git commit -a" и другими командами. Потому что не будет механизма, чтобы "git add -u" вел себя как "git add -u .", важно для тех, кто привык к "git add -u" (без pathspec), обновляя индекс только для путей в текущем подкаталоге, чтобы начать тренировать свои пальцы, чтобы явно сказать "git add -u .", когда они имеют в виду это до появления git 2.0.