Например, значение по умолчанию additionalConfigFilesDir равно ${basedir}/src/main/tomcatconf, поэтому, если вы поместите свои конфиги в этот каталог, он будет использоваться на tomcat7:run.
Обратите внимание, что warSourceDirectory указывает на src (not target), поэтому он запускается как обычный динамический веб-проект, вы можете изменить свои JSP, HTML, и он будет сразу виден. Поэтому папка target/tomcat/webapps пуста.