В IIS 6 (и других версиях тоже afaik) есть параметр "Тайм-аут сеанса" в "Свойствах" → вкладка "Главная директория" → "Конфигурация" → вкладка "Параметры". Выглядит так:
И в ASP.NET web.config есть параметр SessionState, выглядит так:
<system.web>
<sessionState timeout="120" />
<!-- etc .. -->
</system.web>
Связаны ли они, случайно? Устанавливают ли они одно и то же или разные вещи?