store_false по умолчанию будет по умолчанию 0 (вы можете проверить, чтобы проверить). Чтобы изменить то, что он по умолчанию, просто добавьте default=True в ваше объявление.
Итак, в этом случае:
parser.add_argument('-auto', action='store_true', default=True)