Я использовал пакеты topGO в R для анализа обогащения гена следующим кодом:
sampleGOdata <- new("topGOdata", description = "Simple session", ontology = "BP",
allGenes = geneList, geneSel = topDiffGenes, nodeSize = 10,
annot = annFUN.db, affyLib = affyLib)
resultFisher <- runTest(sampleGOdata, algorithm = "classic", statistic = "fisher")
allRes <- GenTable(sampleGOdata, classicFisher = resultFisher, orderBy = "fisher",
ranksOf = "classicFisher",topNodes = 10)
Я хочу увидеть и изменить функцию RunTest
и функцию GenTable
, чтобы изменить ResultTable
, но я не знаю, как показать эту функцию. С getAnywhere("GenTable")
я не получаю жесткий код, который я хочу.
getAnywhere("GenTable")
Обнаружен единственный объект, соответствующий "GenTable"
Он был найден в следующих местах
package:topGO namespace:topGO
со значением
function (object, ...) standardGeneric("GenTable") <environment: 0x16a30c10> attr(,"generic") [1] "GenTable" attr(,"generic")attr(,"package") [1] "topGO" attr(,"package") [1] "topGO" attr(,"group") list() attr(,"valueClass") character(0) attr(,"signature") [1] "object" attr(,"default") `NULL` attr(,"skeleton") function (object, ...) stop("invalid call in method dispatch to \"GenTable\" (no default method)", domain = NA)(object, ...) attr(,"class") [1] "standardGeneric" attr(,"class")attr(,"package") [1] "methods"
Как я могу это сделать?