У меня есть проект Maven, содержащий типичные папки src/main/java и src/test/java, и я использую Eclipse 3.7 с m2e 1.0.and Maven Integration для WTP 1.4.0. Eclipse используется во время разработки для развертывания приложения на сервере (Tomcat или Glassfish), но он также развертывает тестовые классы из src/test/java.
Я не хочу, чтобы тестовые классы были развернуты, так как я могу "исключить" этот каталог из развертывания eclipse-tomcat?
В Eclipse настраивается как обрабатывать и разворачивать разные папки, так как Eclipse-плагин M2Eclipse должен правильно настроить Eclipse, это означает, что конфигурация иногда выполняется, а иногда и нет.
Итак, нужно проверить эти две настройки:
Свойства проекта\Путь сборки Java (вкладка) Источник: папка вывода для <PROJECT>/src/test/java, а также <PROJECT>/src/test/resources должна быть <PROJECT>/target/test-classes
Свойства проекта\Сборка развертывания: для <PROJECT>/src/test/java или <PROJECT>/target/test-classes 
Когда это произойдет, выполните "Maven → Обновить проект..." в контекстном меню свойств проекта. По моему опыту, это правильно переконфигурирует Eclipse.