Не удается загрузить пакет R xlsx на Mac OS 10.11

Я могу загружать пакеты rJava и xlsxjars, но при выполнении библиотеки (xlsx) я получаю сообщение "Не удалось загрузить JVM". Ниже приведены мои данные.

Версия ОС:

$ sw_vers
ProductName:    Mac OS X
ProductVersion: 10.11
BuildVersion:   15A284

Версия Java:

$ java -version
java version "1.8.0_65"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_65-b17)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.65-b01, mixed mode)

Путь Java:

$ which java
/usr/bin/java

Java Home:

$ /usr/libexec/java_home
/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_65.jdk/Contents/Home

R Версия:

$ R --version
R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)

Как я запускаю R:

$ LD_LIBRARY_PATH=$(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server: open -a RStudio

Загрузка пакетов rJava и xlsxjars успешно:

> library(rJava)
> library(xlsxjars)

Неудачная попытка загрузить пакет xlsx:

> library(xlsx)
JavaVM: requested Java version ((null)) not available. Using Java at "" instead.
JavaVM: Failed to load JVM: /bundle/Libraries/libserver.dylib
JavaVM FATAL: Failed to load the jvm library.
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'xlsx', details:
  call: .jinit()
  error: JNI_GetCreatedJavaVMs returned -1
Error: package or namespace load failed for ‘xlsx’

R Конфигурация:

Matts-MacBook-Pro:~ matt$ R CMD javareconf
Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 1.8.0_65
Java home path   : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_65.jdk/Contents/Home/jre
Java compiler    : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar
Non-system Java on OS X

trying to compile and link a JNI program 
detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/darwin
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_65.jdk/Contents/Home/jre/../include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_65.jdk/Contents/Home/jre/../include/darwin -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c conftest.c -o conftest.o
clang -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/lib -o conftest.so conftest.o -L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_65.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation


JAVA_HOME        : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_65.jdk/Contents/Home/jre
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/server
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/darwin
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
Updating Java configuration in /Library/Frameworks/R.framework/Resources

Ответ 1

К сожалению, эти симлинк-трюки мне не помогли. Тем не менее, я нашел аналогичную проблему на fooobar.com/questions/161477/...! (где еще;)) Это работало для меня, выполняя следующие действия:

В терминале введите следующее, чтобы правильно перевести Java:
```
sudo R CMD javareconf
```
Назад в R (или RStudio) установите пакет rJava из источника:
```
install.packages("rJava",type='source')
```

Надеюсь, это поможет!

Ответ 2

У меня также есть проблемы с загрузкой таких пакетов, как openNLP, xlsx, RWeka,... и получено то же сообщение об ошибке, что и вы. Но, наконец, эта команда работала для меня на OS X 10.11.3: sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Ответ 3

В версии Java может возникнуть проблема, для которой был создан пакет R xlsx. Некоторое старое программное обеспечение требует установки Java 6 для OS X 10.11 El Capitan, OS X 10.10 Yosemite, OS X 10.9 Mavericks, ОС X 10.8 Горный лев и OS X 10.7 Лев. Таким образом, вы можете попробовать установить эту старую версию Java (Java для OS X 2015-001) на веб-сайте Apple, ссылка ниже: https://support.apple.com/kb/DL1572?locale=pt_BR&viewlocale=en_US

И проверьте, есть ли у вас Java SE Development Kit 8. Вы можете скачать его на веб-сайте Oracle, ссылка ниже: www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html

У меня была такая же проблема, и загрузка старой версии Java решила ее. Надеюсь, это поможет вам!

Ответ 4

В принципе, просто выполните то, что описано здесь: https://oliverdowling.com.au/2015/10/09/oracles-jre-8-on-mac-os-x-el-capitan/

короткая версия: d/l Java JRE из oracle как tar файл http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jre8-downloads-2133155.html

затем поместите это в ваш терминал (для sudo, ваш pw необходим):

cd ~/Downloads
tar -xzf `ls -1r jre-*-macosx-x64.tar.gz | head -1`
cd `ls -1rd jre*/ | head -1`
defaults write `pwd`/Contents/Info.plist JavaVM -dict-add 'JVMCapabilities' '<array><string>JNI</string><string>BundledApp</string><string>CommandLine</string></array>'
plutil -convert xml1 Contents/Info.plist
sudo mv `pwd` /Library/Java/JavaVirtualMachines/
mkdir -p Contents/Home/bundle/Libraries
cd Contents/Home/bundle/Libraries
ln -s ../../lib/server/libjvm.dylib libserver.dylib

отлично работает на моей ОС X 10.11

Ответ 5

Вы смогли отменить это? Если так, то как?