R CMD javareconf не находит jni.h

Ответ 1

R смотрит в другое место:

detected JNI cpp flags    : -I/usr/lib/jvm/java/include -I/usr/lib/jvm/java/include/linux

У меня возникла аналогичная проблема, но после установки jdk все нормально:

sudo apt-get install openjdk-8-jdk

Ответ 2

Была та же проблема. Исправлено, указав путь к папке Java. Вкратце, после установки Java вы можете получить такую ​​строку.

update-alternatives: using /usr/lib/jvm/java-9-openjdk-amd64/bin/jar to provide /usr/bin/jar (jar) in auto mode

Я указал этот путь как аргумент JAVA_HOME при вызове javareconf следующим образом.

sudo R CMD javareconf JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-9-openjdk-amd64/bin/jar

Надеюсь, это полезно

Ответ 3

Я решил проблему, отредактировав файл java-config

sudo nano /usr/lib/R/etc/javaconf

set the correct JAVA_HOME in this row:
: ${JAVA_HOME=/usr/local/java/jdk-9.0.1}

Ответ 4

У меня уже была Java 11 на Ubuntu 18.04, но я должен был установить jdk-11.0.1, следуя этому руководству: https://websiteforstudents.com/how-to-install-oracle-java-jdk-11-on-ubuntu-18-04 -16-04-18-10/

Затем я изменил JAVA_HOME в javaconf, как @Spanska Forteva

sudo nano /usr/lib/R/etc/javaconfIn javaconf 

Я обнаружил, что путь к старой версии Java все еще указан.

## Versions from settings when configure was run
: ${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/default-java}
: ${JAVA_CPPFLAGS=~autodetect~}
: ${JAVA_LD_LIBRARY_PATH=~autodetect~}
: ${JAVA_LIBS=~autodetect~}

Я изменил путь к JAVA_HOME к моему недавно установленному jdk:

: ${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/jdk-11.0.1}

Затем запустил CMD с указанным путем к jni.h:

sudo R CMD javareconf /usr/lib/jvm/jdk-11.0.1/include/jni.h

Последний бит может не понадобиться, в любом случае он должен иметь возможность просматривать эту папку, но это то, что я сделал.

Ответ 5

Была такая же проблема и наконец-то удалось ее исправить. После долгих поисков это сработало для меня (я в основном следовал руководству здесь: https://www3.ntu.edu.sg/home/ehchua/programming/howto/JDK_Howto.html):

• загрузка и распаковка JDK (jdk1.8.0_201) в /usr/java/
• загрузка и распаковка JRE (jre1.8.0_201) в /usr/java/(не уверен, нужен ли мне этот шаг, но я делал это в предыдущих попытках решить эту проблему)
• Информирование Ubuntu о новой Java с использованием соответствующих версий

Для этого я побежал:

$ sudo update-alternatives --install "/usr/bin/java" "java" "/usr/java/jdk1.8.0_201/bin/java" 1

$ sudo update-alternatives --install "/usr/bin/javac" "javac" "/usr/java/jdk1.8.0_201/bin/javac" 1

$ sudo update-alternatives --install "/usr/bin/javaws" "javaws" "/usr/java/jdk1.8.0_201/bin/javaws" 1

с последующим

$ sudo update-alternatives --set java /usr/java/jdk1.8.0_201/bin/java

$ sudo update-alternatives --set javac /usr/java/jdk1.8.0_201/bin/javac

$ sudo update-alternatives --set javaws /usr/java/jdk1.8.0_201/bin/javaws

Тогда я мог наконец увидеть свою Java в альтернативах в

sudo update-alternatives --config java

где я выбрал недавно установленную Java. Потом я побежал

 sudo R CMD javareconf JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_201/bin/

в котором я снова указал мой путь java jdk явно. После того, как это закончилось успешно, я смог установить rJava в Rstudio, который мне понадобился для установки glmulti.

Ответ 6

В моем случае мне пришлось бежать

R CMD javareconf

как su, просто sudo не работает.

Ответ 7

Я не уверен, был ли здесь подтвержден ответ, но я бы указал всем на эту статью Эндрю Коллиера.

Что он рекомендует:

(1) Обновление всех репозиториев

sudo apt update -y

(2) Убедитесь, что JRE и JDK 8 установлены

sudo apt install -y openjdk-8-jdk openjdk-8-jre

(3) Затем, как уже говорили многие пользователи, указав R на java с явным путем к JDK 8

sudo R CMD javareconf JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/

Определенный пакет Java не имеет большого значения, если он содержит все необходимое скомпилированное содержимое в каталоге /include.

[email protected]:~$ ls /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/include/
classfile_constants.h  jdwpTransport.h  jvmticmlr.h  linux
jawt.h                 jni.h            jvmti.h

Более подробно об этом я бы порекомендовал как найти jni.h?, чтобы правильно найти/скомпилировать этот каталог.