Этот вопрос не касается того, как работает JMX или что делает JMX. Этот вопрос касается приложений JMX в стандартной среде сервера приложений в производстве. Это не для конкретного сервера.
Что вы отслеживаете с помощью JMX в рабочей среде, в которой работает стандартный стек служб Java EE: доступ к базе данных (JDBC и JPA), сеансовые EJB, JMS, веб-сервер, веб-службы, службы с поддержкой AJAX?