Как тест script сообщает R CMD проверить, что он должен испускать пользовательское сообщение?

Ответ 1

Вы должны иметь возможность изменить doSvUnit.R script, чтобы, по крайней мере, издавать предупреждения и ошибки. То, что вы хотите сделать, - запустить тесты, а затем проверить возвращаемое значение тестового бегуна и иметь код R, который вызывает, warning() или stop().

Пример того, как это было сделано с помощью RUnit, посмотрите на пакет codetoolsBioC в репозитории Bioconductor. Соответствующий код находится в inst/templates и скопирован ниже:

.test <- function(dir, pattern = ".*_test\\.R$")
{
    .failure_details <- function(result) {
        res <- result[[1L]]
        if (res$nFail > 0 || res$nErr > 0) {
            Filter(function(x) length(x) > 0,
                   lapply(res$sourceFileResults,
                          function(fileRes) {
                              names(Filter(function(x) x$kind != "success",
                                           fileRes))
                          }))
        } else list()
    }

    if (missing(dir)) {
        dir <- system.file("unitTests", package="@[email protected]")
        if (!nzchar(dir)) {
            dir <- system.file("UnitTests", package="@[email protected]")
            if (!nzchar(dir))
                stop("unable to find unit tests, no 'unitTests' dir")
        }
    }

    ## Run unit tests from the directory containing the test files.
    ## This allows tests to refer to data files with relative paths
    cwd <- getwd()
    on.exit(setwd(cwd))
    setwd(dir)

    require("RUnit", quietly=TRUE) || stop("RUnit package not found")
    RUnit_opts <- getOption("RUnit", list())
    RUnit_opts$verbose <- 0L
    RUnit_opts$silent <- TRUE
    RUnit_opts$verbose_fail_msg <- TRUE
    options(RUnit = RUnit_opts)
    suite <- defineTestSuite(name="@[email protected] RUnit Tests", dirs=getwd(),
                             testFileRegexp=pattern,
                             rngKind="default",
                             rngNormalKind="default")
    result <- runTestSuite(suite)
    cat("\n\n")
    printTextProtocol(result, showDetails=FALSE)
    if (length(details <- .failure_details(result)) >0) {
        cat("\nTest files with failing tests\n")
        for (i in seq_along(details)) {
            cat("\n  ", basename(names(details)[[i]]), "\n")
            for (j in seq_along(details[[i]])) {
                cat("    ", details[[i]][[j]], "\n")
            }
        }
        cat("\n\n")
        stop("unit tests failed for package @[email protected]")
    }
    result
}

Ответ 2

Я связался с двумя сопровождающими в r-forge и CRAN, и они указали мне на источники R, в частности check.R script.

если я правильно понимаю:

• скрипты в каталоге тестов вызываются с помощью вызова system,
• вывод (stdout и stderr) переходят в один файл,
• возможны два возможных результата: ok или не нормально,
• Чтобы ответить на этот вопрос, нам нужно исправить пакет библиотеки/инструментов.

Я открыл запрос на изменение на R, мое первое предположение - это что-то вроде бит-кодирования статуса возврата, бит-0 для ERROR (как это сейчас), бит-1 для ПРЕДУПРЕЖДЕНИЯ, бит-2 для ПРИМЕЧАНИЕ.

from doSvUnit.R, я бы quit с status 2 в случае сбоев и 4 в случае пропущенных тестов.

патч будет выглядеть следующим образом:

Index: src/library/tools/R/testing.R
===================================================================
--- src/library/tools/R/testing.R   (revision 57214)
+++ src/library/tools/R/testing.R   (working copy)
@@ -352,10 +352,16 @@
         } else
             cmd <- paste("LANGUAGE=C", "R_TESTS=startup.Rs", cmd)
         res <- system(cmd)
-        if (res) {
+        if (res%/%4 %% 2) {
+            message("NOTE")
+        }
+        if (res%/%2 %% 2) {
+            message("WARNING")
+        }
+        if (res %% 2) {
             file.rename(outfile, paste(outfile, "fail", sep="."))
             return(1L)
         }
         savefile <- paste(outfile, "save", sep = "." )
         if (file.exists(savefile)) {
             message("  Comparing ", sQuote(outfile), " to ",

unpatched R видит что-то отличное от 0 как ERROR.