Хорошо заметьте: Этот порядок параметров значителен! (Чтобы убедить себя, просто положите -background none в конце параметров вместо начала...)
Обновлено: Спасибо @jesmith, который заметил, что изначально предоставленная мне командная строка больше не работает так, как предполагалось. Более поздние версии convert дополнительно требуют, чтобы -gravity center вызывался до -extent 100x100. (Это было одним из изменений, внесенных в один из последних версий ImageMagick [во время первоначального написания этого ответа]).
Ответ 2
Замечание Курта иронично видно, порядок очень важен. Команда Kurt приводит к тому, что gravity не применяется к extent, поэтому прозрачная "граница" будет находиться в нижней и/или правой части изображения.
Перемещение gravity до extent будет корректно создавать равные прозрачные "границы" на всех применимых сторонах.
convert input.jpg -background none -gravity Center -extent 100x50 output.png