Ответ 1

Вам не нужно переопределять данные в файле .Rnw, и я думаю, что предупреждение исходит из того факта, что вы помещаете имя вывода вместе с Hospital (полный вектор больниц), а чем hosp (индекс цикла).

Следуя вашему примеру, testingloops.Rnw будет

\documentclass[10pt]{article}
\usepackage[margin=1.15 in]{geometry}
<<loaddata, echo=FALSE, message=FALSE>>=
subgroup <- df[ df$Hospital == hosp,]
@

\begin{document}
<<setup, echo=FALSE >>=
  opts_chunk$set(fig.path = paste("test", hosp , sep=""))
@

Some infomative text about hospital \Sexpr{hosp}

<<plots, echo=FALSE >>=
  for(ward in unique(subgroup$Ward)){
    subgroup2 <- subgroup[subgroup$Ward == ward,]
    #     subgroup2 <- subgroup2[ order(subgroup2$Month),]
    savename <- paste(hosp, ward)
    plot(subgroup2$Month, subgroup2$Outcomes, type="o", main=paste("Trend plot for", savename))
  }
@
\end{document}

и файл драйвера R будет просто

##  make my data
Hospital <- c(rep("A", 20), rep("B", 20))
Ward <- rep(c(rep("ICU", 10), rep("Medicine", 10)), 2)
Month <- rep(seq(1:10), 4)
Outcomes <- rnorm(40, 20, 5)
df <- data.frame(Hospital, Ward, Month, Outcomes)

## knitr loop
library("knitr")
for (hosp in unique(df$Hospital)){
  knit2pdf("testingloops.Rnw", output=paste0('report_', hosp, '.tex'))
}

Ответ 2

Отличный вопрос! Это работает для меня с другими битами, которые вы поставили в своем вопросе. Обратите внимание, что я заменил ваш hosp на x. Я назвал ваш Rnw файл test.rnw

# input data
Hospital <- c(rep("A", 20), rep("B", 20))
Ward <- rep(c(rep("ICU", 10), rep("Medicine", 10)), 2)
Month <- rep(seq(1:10), 4)
Outcomes <- rnorm(40, 20, 5)
df <- data.frame(Hospital, Ward, Month, Outcomes)

# generate the tex files, one for each hospital in df
library(knitr)
lapply(unique(df$Hospital), function(x) 
       knit("C:\\emacs\\test.rnw", 
            output=paste('report_', x, '.tex', sep="")))

# generate PDFs from the tex files, one for each hospital in df
lapply(unique(df$Hospital), function(x)
       tools::texi2pdf(paste0("C:\\emacs\\", paste0('report_', x, '.tex')), 
                       clean = TRUE, quiet = TRUE))

Я заменил ваши циклы lapply и анонимными функциями, которые часто считаются более R -ish.

Здесь вы можете увидеть, где я заменил hosp на x в файле Rnw:

\documentclass[10pt]{article}
\usepackage[margin=1.15 in]{geometry}
<<loaddata, echo=FALSE, message=FALSE>>=
  Hospital <- c(rep("A", 20), rep("B", 20))
Ward <- rep(c(rep("ICU", 10), rep("Medicine", 10)), 2)
Month <- rep(seq(1:10), 4)
Outcomes <- rnorm(40, 20, 5)
df <- data.frame(Hospital, Ward, Month, Outcomes)
subgroup <- df[ df$Hospital == x,]
@

\begin{document}
<<setup, echo=FALSE >>=
  opts_chunk$set(fig.path = paste("test", x , sep=""))
@

Some informative text about hospital \Sexpr{x}

<<plots, echo=FALSE >>=
  for(ward in unique(subgroup$Ward)){
    subgroup2 <- subgroup[subgroup$Ward == ward,]
    #     subgroup2 <- subgroup2[ order(subgroup2$Month),]
    savename <- paste(x, ward)
    plot(subgroup2$Month, subgroup2$Outcomes, type="o", main=paste("Trend plot for", savename))
  }
@
\end{document}

В результате получается два файла tex (report_A.tex, report_B.tex), четыре файла PDF для цифр (A1, A2, B1, B2) и два PDF файла для отчетов (report_A.pdf, report_B.pdf), каждый с их цифрами в них. Это то, что вы были после?

Ответ 3

В этом ответе я собираюсь ответить на более общий вопрос: "Использование циклов для создания нескольких отчетов в формате PDF", а не ваш конкретный пример. Это связано с тем, что этой тенденции было довольно сложно следовать как нуб. Мне удалось получить его работоспособным (html-версия), так что это мое скромное решение. Вероятно, некоторые из них опубликованы здесь, но я пока не могу их полностью понять.

• создайте файл RMD с вашим дизайном и сохраните его в рабочем\вводе (в Rstudio: file- > newfile- > R markdown). Этот файл должен включите все функции, необходимые для составления графиков в отчете (просто объявите их в одном из этих фрагментов кода). Подумайте об этом файле как шаблоне для всех будущих отчетов. Не волнуйся о передаче данных в эту среду после того, опишите это в (2). ключевым вопросом для понимания является то, что все вычисления далее по трубопроводу (на данный момент вы отдаете RMD файл).

• создайте цикл, который вам нужно использовать в файле diffrent control r. В моем случае есть цикл, который   выполняет итерацию по всем файлам в каталоге и получает их в данные   Рамка. то я хочу передать эти данные в RMD вместе с   другие переменные данных, чтобы их построить. Вот как это делается:

  run_on_all<-function(path_in="path:\\where\\your\\input\\and\\RMD\\is", path_out="path:\\where\\your\\output\\will\\be") setwd(path_in) ibrary(rmarkdown) library(knitr) list_of_file_names=list.files(path = getwd, pattern = "*.csv") #this gets a list of the input files names for (file_name in list_of_file_names) { data=read.csv(file_name) #read file into data frame report_name=paste(some_variable_name,".html",sep="") render("your_template.Rmd",output_file =report_name,output_dir =path_out,list(data,all other parameters you want to input into the RMD))} }

• Самая важная команда - вызов функции render. Это позволяет вам вклинивать в среду RMD любые паранормальные средства, которые вы хотите. Он также позволяет вам изменять название отчета и изменять его местоположение вывода. Кроме того, вызывая это, вы также генерируете (обратите внимание, что если вызов RMD находится внутри функции, вы можете обнаружить, что переменные, которые вы вводите, отсутствуют, но отчет все равно будет опубликован правильно)

Резюме

есть два файла, которые вам нужны - файл RMD, который будет шаблоном для всех дополнительных отчетов и управляющего файла. управляющий файл получает данные, пережевывает его и передает пережеванные параметры в RMD (через функцию рендеринга). RMD получает данные, выполняет некоторые вычисления, выставляет их и публикует в новом файле (также функцией рендеринга). Надеюсь, я помог.