Я не уверен, что я сделал для этого, но добавление нового файла или пакета в IntelliJ теперь не добавляет их в subversion, и я должен добавить их вручную с помощью щелчка правой кнопкой мыши → subverion → add.
Есть ли параметр, который контролирует это поведение?