$ git add test-file
$ git commit -m 'first commit'
create mode 100644 test-file
$ git push
$ git update-index --add --chmod=+x test-file
$ git commit -m 'change mode'
mode change 100644 => 100755 test-file
$ git push
После этого, если вы перейдете в GitHub, он по-прежнему показывается как 100644 независимо от того, что.