В документации setuptools указано только:
Для максимальной производительности пакеты Python лучше всего устанавливаются в виде zip файлов. Однако не все пакеты могут работать в сжатой форме, поскольку они могут рассчитывать на доступ к исходному коду или файлам данных в качестве файлов обычной операционной системы. Таким образом, setuptools может установить ваш проект в виде zipfile или каталога, а его выбор по умолчанию определяется флагом проекта zip_safe (ссылка).
С практической точки зрения, какова эффективность производительности? Стоит ли исследовать, являются ли мои проекты безопасными для zip файлов, или же минимальные преимущества?