Импортировать данные в R с неизвестным количеством столбцов?

Я пытаюсь прочитать текстовый файл с разными строками:

1
1   2
1   2   3
1   2   3   4
1   2   3   4   5
1   2   3   4   5   6
1   2   3   4   5   6   7
1   2   3   4   5   6   7   8

Чтобы преодолеть эту проблему, я использую аргумент fill = TRUE в read.table, поэтому:

data<-read.table("test",sep="\t",fill=TRUE)

К сожалению, чтобы оценить максимальную длину строки, read.table читает только первые 5 строк файла и генерирует объект, выглядящий следующим образом:

data
   V1 V2 V3 V4 V5
1   1 NA NA NA NA
2   1  2 NA NA NA
3   1  2  3 NA NA
4   1  2  3  4 NA
5   1  2  3  4  5
6   1  2  3  4  5
7   6 NA NA NA NA
8   1  2  3  4  5
9   6  7 NA NA NA
10  1  2  3  4  5
11  6  7  8 NA NA

Есть ли способ заставить read.table прокручивать весь файл для оценки максимальной длины строки? Я знаю, что возможным решением будет предоставить номер столбца, например:

data<-read.table("test",sep="\t",fill=TRUE,col.names=c(1:8))

Но поскольку у меня много файлов, я хотел бы оценить это автоматически в R. Любое предложение?: -)

EDIT: исходный файл не содержит прогрессивные числа, поэтому это не решение:

data1<-read.table("test",sep="\t",fill=TRUE)
data2<-read.table("test",sep="\t",fill=TRUE,col.names=c(1:max(data1))

Ответ 1

Есть хорошая функция count.fields (см. справку), которая подсчитывает количество столбцов в строке:

count.fields("test", sep = "\t")
#[1] 1 2 3 4 5 6 7 8

Итак, используя ваше второе решение:

no_col <- max(count.fields("test", sep = "\t"))
data <- read.table("test",sep="\t",fill=TRUE,col.names=1:no_col)
data
#   X1 X2 X3 X4 X5 X6 X7 X8
# 1  1 NA NA NA NA NA NA NA
# 2  1  2 NA NA NA NA NA NA
# 3  1  2  3 NA NA NA NA NA
# 4  1  2  3  4 NA NA NA NA
# 5  1  2  3  4  5 NA NA NA
# 6  1  2  3  4  5  6 NA NA
# 7  1  2  3  4  5  6  7 NA
# 8  1  2  3  4  5  6  7  8

Ответ 2

Использование count.fields, безусловно, правильный подход для этого, но только для полноты:

Другой вариант - загрузить весь необработанный текст и проанализировать его внутри R:

x <- readLines(textConnection(
"1\t
1\t2
1\t2\t3
1\t2\t3\t4
1\t2\t3\t4\t5
1\t2\t3\t4\t5\t6"))
x <- strsplit(x,"\t")

Чтобы объединить список неравных векторов длины, самый простой способ - использовать функцию rbind.fill из plyr:

library(plyr)
# requires data.frames with column names
x <- lapply(x,function(x) {x <- as.data.frame(t(x)); colnames(x)=1:length(x); return(x)})
do.call(rbind.fill,x)
1    2    3    4    5    6
1 1 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
2 1    2 <NA> <NA> <NA> <NA>
3 1    2    3 <NA> <NA> <NA>
4 1    2    3    4 <NA> <NA>
5 1    2    3    4    5 <NA>
6 1    2    3    4    5    6