Какие языки функционального программирования имеют библиотеки биоинформатики, которые легко доступны?
(Не включайте языки с несколькими парадигмами, такие как Ruby)
Обновление. Листинг, в котором основные языки функционального программирования в настоящее время не имеют легкого доступа к библиотекам биоинформатики, также приветствуется.
Рассматриваете ли вы R как функциональный, а не мультипарадигменный язык?
Если это так, R имеет самый большой набор библиотек для биоинформатики. В CRAN есть много модулей, но BioConductor - это то, что вы ищете. Он как активное сообщество и большинство библиотек были опубликованы в журналах рецензирования.
note: Я считаю, что помимо perl, python и некоторых небольших усилий в C/С++ и Java, ни один другой язык программирования не имеет хороших библиотек биоинформатики вообще.
Я начал первый серьезный проект BioScala, который включает в себя руководство и философию дизайна в. /doc. Кроме того, я объясняю использование Scala для биоинформатики на blog.thebird.nl. BioScala - это незавершенное производство. Поскольку вы можете использовать BioJava и BioRuby от Scala - и вскоре BioLib - вы можете ударить по земле.
Лучшие поддерживаемые, универсальные, языковые библиотеки биоинформатики поддерживаются Open Bioinformatics Foundation: BioPerl, Biopython, BioJava, BioRuby и BioLib (С++). Эти библиотеки настолько удобны, что проще просто написать script на одном из этих языков, даже если вы предпочитаете другой язык.
Как отметил Андрей, вы можете использовать BioJava с функциональным языком на основе JVM, например Scala или Clojure.
BioLib является новее других, но он должен хорошо работать с SWIG, чтобы любой другой язык мог связать его. Haskell имеет хорошую FFI, поэтому вы можете попробовать использовать его с Biolib в библиотеке инструментов NCBI - они, вероятно, поддерживаются лучше, чем BioHaskell.
И наоборот, запись программ в Haskell настолько удобна, что часто проще предоставлять какие-либо недостающие функции самостоятельно, чем пытаться понять кого-то еще неясного императивного кода.
Несмотря на то, что Эрик не справляется с моим обслуживанием, я знаю, что Haskell - хорошая платформа для биоинформатики, позволяющая пользователю писать сжатый и эффективный код. Работает для меня!
И вместе с BioRuby у вас есть biogem для пакетов, которые не находятся в ядре BioRuby, поэтому у вас есть еще много пакетов.