В Eclipse вы можете настроить множество серверов для работы внутри среды IDE, включая Tomcat. В зависимости от вашей конфигурации Tomcat, в какой-то момент жизненного цикла webapp ваши файлы JSP будут скомпилированы в сервлеты. Эти новые файлы .class сервлета хранятся в каталоге %TOMCAT_HOME%/work
вместе с промежуточным файлом .java, созданным из JSP. Этот .java файл очень полезен, когда ваши JSP генерируют исключения и цитируют номер строки, соответствующий java, а не .jsp
Обновление: В моей среде (Windows) он находится здесь:
C:/Documents and Settings/ % USER%/workspace/.metadata/.plugins/org.eclipse.wst.server.core/tmp0/work
Возможно, чтобы ответить более полно, кто-то может опубликовать местоположение для * nix-сред.