Как сохранить предупреждения и ошибки как выходные данные из функции?

Ответ 1

Возможно, это то же самое, что и ваше решение, но я написал factory для преобразования простых старых функций в функции, которые фиксируют их значения, ошибки и предупреждения, поэтому я могу

test <- function(i)
    switch(i, "1"=stop("oops"), "2"={ warning("hmm"); i }, i)
res <- lapply(1:3, factory(test))

с каждым элементом результата, содержащим значение, ошибку и/или предупреждения. Это будет работать с функциями пользователя, системными функциями или анонимными функциями (factory(function(i) ...)). Здесь factory

factory <- function(fun)
    function(...) {
        warn <- err <- NULL
        res <- withCallingHandlers(
            tryCatch(fun(...), error=function(e) {
                err <<- conditionMessage(e)
                NULL
            }), warning=function(w) {
                warn <<- append(warn, conditionMessage(w))
                invokeRestart("muffleWarning")
            })
        list(res, warn=warn, err=err)
    }

и некоторые помощники для обработки списка результатов

.has <- function(x, what)
    !sapply(lapply(x, "[[", what), is.null)
hasWarning <- function(x) .has(x, "warn")
hasError <- function(x) .has(x, "err")
isClean <- function(x) !(hasError(x) | hasWarning(x))
value <- function(x) sapply(x, "[[", 1)
cleanv <- function(x) sapply(x[isClean(x)], "[[", 1)

Ответ 2

Попробуйте оценить пакет.

library(evaluate)
test <- function(i)
    switch(i, "1"=stop("oops"), "2"={ warning("hmm"); i }, i)

t1 <- evaluate("test(1)")
t2 <- evaluate("test(2)")
t3 <- evaluate("test(3)")

В настоящее время он не имеет приятного способа оценки выражения, хотя это происходит главным образом потому, что он нацелен на то, чтобы точно воспроизвести то, что R выводит текст, вводимый на консоль.

replay(t1)
replay(t2)
replay(t3)

Он также захватывает сообщения, выводит на консоль и гарантирует, что все правильно перемежено в том порядке, в котором оно произошло.

Ответ 3

Я объединил малиновскую мануальность (fooobar.com/questions/206156/...) и одну из списка рассылки R-help, которую вы получили с помощью demo(error.catching).

Основная идея состоит в том, чтобы сохранить как предупреждение, так и команду, запускающую эту проблему.

myTryCatch <- function(expr) {
  warn <- err <- NULL
  value <- withCallingHandlers(
    tryCatch(expr, error=function(e) {
      err <<- e
      NULL
    }), warning=function(w) {
      warn <<- w
      invokeRestart("muffleWarning")
    })
  list(value=value, warning=warn, error=err)
}

Примеры:

myTryCatch(log(1))
myTryCatch(log(-1))
myTryCatch(log("a"))

Вывод:

> myTryCatch (log (1))

$value [1] 0 $warning NULL $error NULL

> myTryCatch (log (-1))

$value [1] NaN $предупреждение $error NULL

> myTryCatch (log ( "a" ))

$значение NULL $warning NULL $error

Ответ 4

Цель моего ответа (и модификация превосходного кода Мартина) заключается в том, что функция factory -ed возвращает ожидаемую структуру данных, если все будет хорошо. Если предупреждение возникает, оно привязывается к результату в атрибуте factory-warning. data.table setattr используется для обеспечения совместимости с этим пакетом. Если возникла ошибка, результатом будет элемент символа "Ошибка в функции factory", а атрибут factory-error будет содержать сообщение об ошибке.

#' Catch errors and warnings and store them for subsequent evaluation
#'
#' Factory modified from a version written by Martin Morgan on Qaru (see below).  
#' Factory generates a function which is appropriately wrapped by error handlers.  
#' If there are no errors and no warnings, the result is provided.  
#' If there are warnings but no errors, the result is provided with a warn attribute set.
#' If there are errors, the result retutrns is a list with the elements of warn and err.
#' This is a nice way to recover from a problems that may have occurred during loop evaluation or during cluster usage.
#' Check the references for additional related functions.
#' I have not included the other factory functions included in the original Qaru answer because they did not play well with the return item as an S4 object.
#' @export
#' @param fun The function to be turned into a factory
#' @return The result of the function given to turn into a factory.  If this function was in error "An error as occurred" as a character element.  factory-error and factory-warning attributes may also be set as appropriate.
#' @references
#' \url{http://stackoverflow.com/info/4948361/how-do-i-save-warnings-and-errors-as-output-from-a-function}
#' @author Martin Morgan; Modified by Russell S. Pierce
#' @examples 
#' f.log <- factory(log)
#' f.log("a")
#' f.as.numeric <- factory(as.numeric)
#' f.as.numeric(c("a","b",1))
factory <- function (fun) {
  errorOccurred <- FALSE
  library(data.table)
  function(...) {
    warn <- err <- NULL
    res <- withCallingHandlers(tryCatch(fun(...), error = function(e) {
      err <<- conditionMessage(e)
      errorOccurred <<- TRUE
      NULL
    }), warning = function(w) {
      warn <<- append(warn, conditionMessage(w))
      invokeRestart("muffleWarning")
    })
    if (errorOccurred) {
      res <- "An error occurred in the factory function"
    } 

    if (is.character(warn)) {
      data.table::setattr(res,"factory-warning",warn)
    } else {
      data.table::setattr(res,"factory-warning",NULL) 
    }

    if (is.character(err)) {
      data.table::setattr(res,"factory-error",err)
    } else {
      data.table::setattr(res, "factory-error", NULL)
    }  
    return(res)
  }
}

Поскольку мы не завершаем результат в дополнительном списке, мы не можем делать такие предположения, которые допускают некоторые из его функций доступа, но мы можем писать простые проверки и решать, как обрабатывать случаи, как это подходит наша конкретная результирующая структура данных.

.has <- function(x, what) {
  !is.null(attr(x,what))
}
hasWarning <- function(x) .has(x, "factory-warning")
hasError <- function(x) .has(x, "factory-error")
isClean <- function(x) !(hasError(x) | hasWarning(x))