Я хотел бы поставить перпендикулярные линии на концах усов, как функция boxplot
автоматически дает.
Спасибо
Я хотел бы поставить перпендикулярные линии на концах усов, как функция boxplot
автоматически дает.
Спасибо
Как намечено, но не реализовано @Roland, вы можете использовать stat_boxplot
для реализации этого. Трюк, вызывающий _boxplot
дважды, и должен установить geom
в errorbar
для одного из вызовов.
Обратите внимание, что в качестве R
используется подход с пером и бумагой, рекомендуется сначала внедрить бары ошибок, нарисовать традиционную коробку над верхней частью.
Использование фиктивных данных @Roland df
ggplot(df, aes(x=cond, y = value)) +
stat_boxplot(geom ='errorbar') +
geom_boxplot() # shorthand for stat_boxplot(geom='boxplot')
Справка stat_boxplot
(?stat_boxplot
) подробно описывает различные значения, вычисленные и сохраненные в data.frame
Чтобы изменить размеры строк вискеров, мы можем использовать аргумент width = 0.5
внутри функции: stat_boxplot
set.seed(42)
df <- data.frame(cond = factor(rep(c("A", "B"), each = 500)),
value = c(rnorm(500, mean = 1, sd = 0.2),
rnorm(500, mean = 1.5, sd = 0.1)))
library(ggplot2)
ggplot(df, aes(x = cond, y = value)) +
stat_boxplot(geom = "errorbar", width = 0.5) +
geom_boxplot()
Возможно, можно использовать stat_boxplot
для вычисления концов вискеров, но мне недостаточно мастера ggplot2
, поэтому я использую для этого базовую функцию.
set.seed(42)
df <- data.frame(cond = factor( rep(c("A","B"), each=500) ),
value = c(rnorm(500,mean=1,sd=0.2),rnorm(500, mean=1.5,sd=0.1)))
whisk <- function(df,cond_col=1,val_col=2) {
require(reshape2)
condname <- names(df)[cond_col]
names(df)[cond_col] <- "cond"
names(df)[val_col] <- "value"
b <- boxplot(value~cond,data=df,plot=FALSE)
df2 <- cbind(as.data.frame(b$stats),c("min","lq","m","uq","max"))
names(df2) <- c(levels(df$cond),"pos")
df2 <- melt(df2,id="pos",variable.name="cond")
df2 <- dcast(df2,cond~pos)
names(df2)[1] <- condname
df2
}
library(ggplot2)
plot1 <- ggplot(df, aes(x=cond))
plot1 <- plot1 + geom_errorbar(aes(ymin=min,ymax=max),data=whisk(df),width = 0.5)
plot1 <- plot1 + geom_boxplot(aes(y=value))
plot1