Желтые папки - это "Группы", это не фактические папки, а ссылки на папки/файлы. Они существуют только для организации вашего проекта в Xcode. Синие папки - это фактические папки, существующие в файловой системе.
Синие папки дают вам возможность не добавлять "Добавить файл" каждый раз, когда что-то новое в папке, то есть изображение. Тем не менее, вы все равно должны использовать группы (ака желтые папки), потому что они дают вам больше контроля над тем, что будет в комплекте с вашим приложением (подумайте о скрытых файлах в файлах папок/версий). Кроме того, иногда синие папки могут испортить вашу иерархию файлов в вашем пакете, т.е. что приводит к сбою экрана заставки.
Есть только несколько случаев, когда вы использовали бы синие папки, такие как папка "контент", где что-либо в папке должно быть упаковано вместе с пакетом (как комментировал Марк Шимчик, изображения или видео). Если вы не уверены, придерживайтесь желтых папок.
Ответ 2
Желтая папка должна быть ссылкой (группа, действовать как папка, но если вы зарегистрируетесь в Finder, нет, как в Playlist в iTunes), а блюзовые - "физические" (как папка в Finder).