Есть много вопросов об использовании numpy в cython на этом сайте, особенно полезным Простая упаковка кода C с помощью cython.
Однако интерфейс cython/numpy api по-видимому, немного изменился, в частности, обеспечив передачу массивов с непрерывной памятью.
Каков наилучший способ написать функцию-оболочку в цитоне, которая:
- принимает массив numpy, который вероятно, но не обязательно смежный.
- вызывает метод класса С++ с подписью
double* data_in, double* data_out
- возвращает массив numpy
double*
, который метод написал в?
Моя попытка:
cimport numpy as np
import numpy as np # as suggested by jorgeca
cdef extern from "myclass.h":
cdef cppclass MyClass:
MyClass() except +
void run(double* X, int N, int D, double* Y)
def run(np.ndarray[np.double_t, ndim=2] X):
cdef int N, D
N = X.shape[0]
D = X.shape[1]
cdef np.ndarray[np.double_t, ndim=1, mode="c"] X_c
X_c = np.ascontiguousarray(X, dtype=np.double)
cdef np.ndarray[np.double_t, ndim=1, mode="c"] Y_c
Y_c = np.ascontiguousarray(np.zeros((N*D,)), dtype=np.double)
cdef MyClass myclass
myclass = MyClass()
myclass.run(<double*> X_c.data, N, D, <double*> Y_c.data)
return Y_c.reshape(N, 2)
Этот код компилируется, но не обязательно оптимален. У вас есть предложения по улучшению фрагмента выше?
и (2) throws и "np не определяется в строке X_c = ...
" ) при вызове во время выполнения.
Точный код тестирования и сообщение об ошибке следующие:
import numpy as np
import mywrapper
mywrapper.run(np.array([[1,2],[3,4]], dtype=np.double))
# NameError: name 'np' is not defined [at mywrapper.pyx":X_c = ...]
# fixed!