Eclipse нормальная перспектива Java, похоже, скрывает ссылочные библиотеки просто отлично (в папке "Связанные библиотеки" в вашем проекте). К сожалению, перспектива Java EE, похоже, не имеет такой же функции и позволяет ей быть неинтуитивной.
Может кто-нибудь пролить свет на эту проблему?