Преобразование объектов python для rpy2

Следующий код должен создать тепловую карту в rpy2

import numpy as np
from rpy2.robjects import r
data = np.random.random((10,10))
r.heatmap(data)

Однако это приводит к следующей ошибке

Traceback (most recent call last):
  File "z.py", line 8, in <module>
    labRow=rowNames, labCol=colNames)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py", line 418, in __call__
    new_args = [conversion.py2ri(a) for a in args]
  File "C:\Python25\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py", line 93, in default_py2ri
    raise(ValueError("Nothing can be done for the type %s at the moment." %(type(o))))
ValueError: Nothing can be done for the type <type 'numpy.ndarray'> at the moment.

Из документации я узнаю, что r.heatmap ожидает "числовую матрицу". Как преобразовать np.array в требуемый тип данных?

Ответ 1

Вам нужно добавить

import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

См. http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/numpy.html:

Только одного импорта достаточно включить автоматическое преобразование numpy объектов в объекты rpy2.

Зачем делать это необязательный импорт, хотя он мог быть включен в функция py2ri() (как это сделано в исходный патч, представленный для этого функция)?

Хотя оба действительны и разумны вариантов, было принято конструктивное решение чтобы отделить rpy2 от numpy больше всего, и не предполагайте, что наличие numpy установлено автоматически означает, что программист хотел использовать он.

изменить С rpy2 series 2.2.x импорт уже не является достаточным. Преобразование должно быть явно активировано.

Ответ 2

Для rpy2 2.2.4 мне пришлось добавить:

import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

Ответ 3

Для меня (2.2.1) также работало (как описано в http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/numpy.html):

import rpy2.robjects as ro
from rpy2.robjects.numpy2ri import numpy2ri
ro.conversion.py2ri = numpy2ri