Сильный текстовый статус показывает, что файл изменен, однако при фиксации он показывает, что файл был скопирован, т.е.
мерзавец статус
изменено: foo/bar/baz.xml
мерзавец совершить
скопировано: bar/foo/baz.xml → foo/bar/baz.xml
Почему он показывает этот файл как скопированный, если это не так. Два файла были идентичны до изменения.
git отслеживает контент, а не файлы. если два файла одинаковы (или почти одинаковы) git распознает их как скопированные. не должно быть никаких последствий из этого
в вашем случае оба файла были одинаковыми (100%), поэтому git не имеет возможности узнать, был ли файл скопирован или случайно случайно оказался таким же.
не волнуйтесь, git хранит только моментальные копии дерева в репозитории. вы можете контролировать обнаружение копирования и переименования для git log с параметрами -C и -M, git затем попытаться успеть найти переименования/копии