Преобразовать только одну ось в шкалу log10 с помощью ggplot2

У меня есть следующая проблема: я хотел бы визуализировать дискретную и непрерывную переменную на ящике, в котором последний имеет несколько экстремально высоких значений. Это делает коробку бессмысленной (точки и даже "тело" диаграммы слишком малы), поэтому я хотел бы показать это на шкале log10. Я знаю, что я мог бы исключить экстремальные значения из визуализации, но я не намерен.

Посмотрим на простой пример с данными бриллиантов:

m <- ggplot(diamonds, aes(y = price, x = color))

Проблема здесь не серьезная, но я надеюсь, вы могли бы представить, почему мне хотелось бы увидеть значения в масштабе log10. Попробуем:

m + geom_boxplot() + coord_trans(y = "log10")

Как вы можете видеть, ось y изменена в масштабе log10 и выглядит нормально, но есть проблема с осью x, что делает график очень странным.

Проблема не возникает с scale_log, но для меня это не вариант, так как я не могу использовать собственный форматтер таким образом. Например:.

m + geom_boxplot() + scale_y_log10()

Мой вопрос: кто-нибудь знает решение для построения прямоугольника с масштабом log10 по оси y, которые могут быть свободно отформатированы с помощью функции formatter, как в этом thread?

Редактирование вопроса, чтобы помочь ответчикам на основе ответов и комментариев:

То, что я действительно после: одна log10 трансформированная ось (y) с не научными метками. Я хотел бы обозначить его как доллар (formatter=dollar) или любой пользовательский формат.

Если я попробую @hadley предложение, я получаю следующие предупреждения:

> m + geom_boxplot() + scale_y_log10(formatter=dollar)
Warning messages:
1: In max(x) : no non-missing arguments to max; returning -Inf
2: In max(x) : no non-missing arguments to max; returning -Inf
3: In max(x) : no non-missing arguments to max; returning -Inf

С неизменными ярлами оси y:

Ответ 1

Самое простое - просто дать аргументу "trans" (ранее "formatter") имя функции журнала:

m + geom_boxplot() + scale_y_continuous(trans='log10')

EDIT: Или, если вам это не нравится, то любой из этих вариантов дает разные, но полезные результаты:

m <- ggplot(diamonds, aes(y = price, x = color), log="y")
m + geom_boxplot() 
m <- ggplot(diamonds, aes(y = price, x = color), log10="y")
m + geom_boxplot()

EDIT2 & 3: Дальнейшие эксперименты (после отказа от того, который попытался поставить знаки "$" перед зарегистрированными значениями):

fmtExpLg10 <- function(x) paste(round_any(10^x/1000, 0.01) , "K $", sep="")
ggplot(diamonds, aes(color, log10(price))) + 
  geom_boxplot() + 
  scale_y_continuous("Price, log10-scaling", trans = fmtExpLg10)

Примечание добавлено в середине 2017 года в комментарии об изменении синтаксиса пакета:

scale_y_continuous(formatter = 'log10') is now scale_y_continuous(trans = 'log10') (ggplot2 v2.2.1)

Ответ 2

У меня была аналогичная проблема, и этот масштаб работал у меня как шарм:

breaks = 10**(1:10)
scale_y_log10(breaks = breaks, labels = comma(breaks))

так же, как и промежуточные уровни (10 ^ 3.5), вам нужно настроить форматирование:

breaks = 10**(1:10 * 0.5)
m <- ggplot(diamonds, aes(y = price, x = color)) + geom_boxplot()
m + scale_y_log10(breaks = breaks, labels = comma(breaks, digits = 1))

После выполнения::

Ответ 3

Другое решение с использованием scale_y_log10 с trans_breaks, trans_format и annotation_logticks()

library(ggplot2)

m <- ggplot(diamonds, aes(y = price, x = color))

m + geom_boxplot() +
  scale_y_log10(
    breaks = scales::trans_breaks("log10", function(x) 10^x),
    labels = scales::trans_format("log10", scales::math_format(10^.x))
  ) +
  theme_bw() +
  annotation_logticks(sides = 'lr') +
  theme(panel.grid.minor = element_blank())

Ответ 4

Я думаю, что наконец-то я получил это, сделав некоторые ручные преобразования с данными перед визуализацией:

d <- diamonds
# computing logarithm of prices
d$price <- log10(d$price)

И разработайте форматировщик, чтобы позже вычислить "назад" логарифмические данные:

formatBack <- function(x) 10^x 
# or with special formatter (here: "dollar")
formatBack <- function(x) paste(round(10^x, 2), "$", sep=' ')

И нарисуйте сюжет с заданным форматированием:

m <- ggplot(d, aes(y = price, x = color))
m + geom_boxplot() + scale_y_continuous(formatter='formatBack')

Извините, что сообщество беспокоит вас вопросом, который я мог бы решить раньше! Самое смешное: я много работал над тем, чтобы этот заговор работал месяц назад, но не удалось. Спросив здесь, я понял.

В любом случае, благодаря @DWin для мотивации!