Возможно, я слепой, но я не могу найти этот вариант, и Google не хочет мне помогать.
Иногда NetBeans пытается проверить синтаксис в любом файле при обнаружении некоторых JS, но многие шаблоны/библиотеки шаблонов помещают JS с PHP или специальными тегами, в результате чего NetBeans выдает синтаксическую ошибку в файле.