Внутри навигационной панели в случае выравнивания Bootstrap происходит несколько иначе.
Для выравнивания элементов справа в навигационной панели поместите необходимые элементы в отдельный div и внутри него создайте ul и добавьте требуемые элементы в списке.
В div добавьте класс .pull-right, чтобы выравнивать элементы вправо.