Трубопроводы stdin до R

У меня возникли проблемы с подключением stdin к R script.

Вот моя игрушка script test.R:

#!/usr/bin/env Rscript
while(length(line <- readLines('stdin', n=1, warn=FALSE)) > 0) {
  write(line, stderr())
  # process line
}

Я бы хотел пройти через каждую строку и выполнить некоторую обработку. Вот мой входной файл с именем input:

aaaaaa
bbbbbb
cccccc
dddddd
eeeeee
ffffff

Если я делаю

cat input | test.R

Я получаю только:

aaaaaa

Есть ли что-то, что я пропустил?

Ответ 1

Это не происходит, если вы явно открываете соединение stdin.

#!/usr/bin/env Rscript
f <- file("stdin")
open(f)
while(length(line <- readLines(f,n=1)) > 0) {
  write(line, stderr())
  # process line
}

Ответ 2

Джефф и я написал littler, чтобы сделать это (и несколько других вещей). Из-за littler я никогда не смотрел так близко к Rscript, но это должно в принципе работать нормально.

Вот один из наших ранних примеров, используя вывод /bin/ls (и быстрый фильтр awk) для суммирования размера файла:

[email protected]:~/svn/littler/examples$ ls -l /boot/ | \
                                    awk '!/^total/ {print $5}' | ./fsizes.r 
    Min.  1st Qu.   Median     Mean  3rd Qu.     Max. 
      24   130300   730700  3336000  4527000 14670000 

  The decimal point is 6 digit(s) to the right of the |

   0 | 0000000000000011111111122777777777
   2 | 777777777
   4 | 555577777
   6 | 
   8 | 
  10 | 
  12 | 5
  14 | 24466677

[email protected]:~/svn/littler/examples$

Здесь script fsizes.r - всего три строки:

[email protected]:~/svn/littler/examples$ cat fsizes.r 
#!/usr/bin/r -i

fsizes <- as.integer(readLines())
print(summary(fsizes))
stem(fsizes)
[email protected]:~/svn/littler/examples$

Ответ 3

Это самый легкий, который я нашел (при условии ввода цифр):

x <- scan(file="stdin", quiet=TRUE)

вы можете протестировать его с помощью:

$ echo -e "1\n2\n3" | R --slave -e 'x <- scan(file="stdin", quiet=TRUE); summary(x)'
   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
    1.0     1.5     2.0     2.0     2.5     3.0