Вы можете получить объект Connection непосредственно из Менеджера сущностей и выполнить SQL-запросы непосредственно через это:
$em = $this->getDoctrine()->getManager(); // ...or getEntityManager() prior to Symfony 2.1
$connection = $em->getConnection();
$statement = $connection->prepare("SELECT something FROM somethingelse WHERE id = :id");
$statement->bindValue('id', 123);
$statement->execute();
$results = $statement->fetchAll();
Однако я бы посоветовал это сделать, если это действительно необходимо... Doctrine DQL может обрабатывать практически любой запрос, который вам может понадобиться.