Как вы обновляете эту переменную среды во время выполнения, чтобы ctypes могли загружать библиотеку где угодно? Я пробовал следующее и, похоже, не работает.
from ctypes import *
os.environ['LD_LIBRARY_PATH'] = "/home/starlon/Projects/pyCFA635/lib"
os.putenv('LD_LIBRARY_PATH', "/home/starlon/Projects/pyCFA635/lib")
lib = CDLL("libevaluator.so")