@echo off
appcmd start sites "site1"
appcmd stop sites "site2"
Обновление
Просто убедитесь, что appcmd доступно где угодно, добавив %windir%\system32\inetsrv\ в переменную среды PATH вашей системы. Кроме того, вы можете использовать полный путь к appcmd.exe в пакетном файле.