Ответ 1

Я только что успешно установил rpy2 на Windows 8.1 64bit с двоичным установщиком из http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2. Обычно проще просто загружать двоичный файл вместо того, чтобы пытаться скомпилировать пакет в Windows.

Кроме того, перед установкой двоичного файла rpy2 вы должны установить переменную окружения R_HOME (в моем случае, C:\Program Files\R\R-3.1.1). В противном случае вы получите ошибку RuntimeError: R_HOME not defined. при попытке импортировать rpy2. (спасибо Ошибка R_HOME с rpy2)

Наконец, обязательно используйте %load_ext rpy2.ipython вместо %load_ext rmagic, если вы хотите использовать его в IPython. Это одна из новых функций в версии 2.4.0 rpy2.

(благодаря IPython notebook и rmagic/rpy2: не удается найти модуль ri2py (OSX 10.8.5, python 2.7, R 3.1)

Ответ 2

OK. Из предыдущего опыта я нашел несколько инструкций о том, как установить rpy2 в Windows. Я понимаю, что он официально не поддерживается, но это действительно не так сложно. В несколько шагов я покажу, что я сделал, и, возможно, другие могут следовать.

Эти инструкции, скорее всего, будут работать только для Python 2.7+ и R 3.2+, но, вероятно, будут работать для R 3.0+. Я помещаю пути, которые я использовал в своей системе. Обязательно измените пути следующим образом:

Во-первых, убедитесь, что предыдущие установки rpy2 НЕ УСТАНАВЛИВАЮТСЯ, прежде чем пытаться выполнить эти шаги (и, очевидно, перед установкой должны быть R 3.2+).

• Загрузите файл .whl для r2py из здесь
• Установите файл .whl с помощью pip install [put .whl filename here] (в командной строке) из каталога, в который был загружен файл.
• Добавить путь, подобный C:\Program Files\R\R-3.2.0\bin, к переменной среды PATH
• Создайте системную переменную R_HOME со значением, аналогичным: C:\Program Files\R\R-3.2.0
• Создайте системную переменную R_USER с вашим именем пользователя
• Создайте системную переменную R_LIBS_USER с указанием пути к папке, в которой установлены/будут установлены внешние R-пакеты.

Что это. Откройте командную строку и введите команду R. Это должно запустить сеанс R и отобразить информацию о версии.

Теперь откройте python и запустите эту строку, чтобы убедиться, что все получилось или нет:

import rpy2.robjects as robjects 

Надеюсь, это поможет.

Ответ 3

Мне также не удавалось добиться того, чтобы Rpy2 работал в Windows. После нескольких часов взлома с R2.15 и Rpy2 из предварительно скомпилированного двоичного 2.3.4.win-amd64-py2.7, Я выполнил этот вопрос и вместо этого установил pyper. Возможно, это сработает для вас, пока не будет поддержки. Мне бы хотелось увидеть Rpy2 на Windows и IPython ноутбуке (% load_ext rmagic), но я просто не мог тратить на него больше времени.

Ответ 4

EDIT Наконец-то мне удалось заставить его работать!!! См. Ниже:

Я ударился головой, чтобы заставить его работать, и до сих пор не понял его полностью. Я обнаружил, что ошибка

'sh' не распознается как внутренняя или внешняя команда, операционная программа или командный файл

вызвано отсутствием mingw и Rtools (и других unix-подобных программ-помощников). (http://sourceforge.net/p/rpy/mailman/message/26549197/)

Я прошел этот этап, установив Rtools (http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/) и mingw (http://sourceforge.net/projects/mingw-w64/) (Но поскольку проект mingw-w64 на sourceforge.net перемещается на mingw-w64.org, я предлагаю использовать mingw-w64.org)

Я прошел проверку на ошибку R.exe CMD config -ldflags, но застрял с

TypeError: объект типа "NoneType" не имеет len()

ошибка. Я все еще ищу решение!

Надеюсь, это поможет кому-то в какой-то момент.

ОБНОВЛЕНИЕ:. Похоже, что есть несколько проблем, связанных с установкой. Setup.py не может найти правильную версию R, и у компиляторов есть проблемы.

Итак, способ продолжения:

• Загрузите исходный код https://pypi.python.org/pypi/rpy2.
• Обновление переменных среды - В пользовательских переменных
  • PATH: добавьте путь к установке ur R, например: C:\Program Files\R\R-3.0.2\bin\x64
  • R_HOME: новая переменная с пути к R: C:\Program Files\R\R-3.0.2
  • R_USER: имя пользователя пользователя, например, john
• Установить Rtools (http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/) и mingw (http://mingw-w64.org)

• вокруг строки 123 перед

  return self._version Я добавил self._version = [3, 0], чтобы версия была 3.0 (возможно, кто-то может решить эту проблему лучше)

• В файле unixccompiler.py либо в python27/lib/distutils, либо в моем случае C:\Users (имя_пользователя)\AppData\Local\Continuum\Anaconda\Lib\distutils строка комментария 227

compiler = os.path.basename(sysconfig.get_config_var ( "CC" )) С# (# comppiler = os.path.basename(sysconfig.get_config_var ( "CC" )))

и добавьте строку

compiler = 'gcc'

Некоторые другие вещи - используйте командную строку cmd для установки. Используйте

установка python setup.py build

Установите Rtools и mingw, принимающие все значения по умолчанию. В Rtools выберите

Дополнительно для сборки 64 бит R

и

изменить систему PATH

Вот оно! Получил это, чтобы работать.

Надеюсь, это поможет!

Ответ 5

Установка script setup.py говорит о том, что проблема была выполнена при запуске

"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config --ldflags

Откройте терминал, вставьте эту команду, проверьте, что такое ошибка.

Как вы отредактировали вопрос с выходом, проблема заключается в том, что при запуске этой команды в качестве подпроцесса из python setup.py install возвращается пустая строка, когда при запуске команды из терминала появляется выход. Я также читаю из вывода терминала, что задействован cygwin. Может быть, это проблема?

Ответ 6

Я не уверен, что кто-то все еще следует за обсуждением, но в любом случае, моя цель в попытке заставить rpy2 работать, так это иметь возможность работать в моих ноутбуках Ipython. Если кто-то еще пытается сделать то же самое, я бы предложил использовать IRkernel, который плавно устанавливается как торт (хорошо сделанный торт). Вот ресурсы, чтобы сделать это. Я использовал его, и он работает как шарм.

в основном то, что вам нужно запустить, это:

install.packages(c('rzmq','repr','IRkernel','IRdisplay'),repos = c('http://irkernel.github.io/', getOption('repos')))

IRkernel::installspec()

Вот ресурсы, если вы обнаружите какие-либо проблемы:

https://github.com/IRkernel/IRkernel

http://blog.revolutionanalytics.com/2015/09/using-r-with-jupyter-notebooks.html

http://www.michaelpacer.com/maths/r-kernel-for-ipython-notebook

НТН

Ответ 7

В Anaconda вы можете установить с помощью:

conda install --channel https://conda.anaconda.org/Richarizardd rpy2

Ответ 8

Следуя приведенным выше ответам, это то, что работает для меня

Система: Win 7-64, Python 3.6,

1. Установите R и требуемые пакеты

2. Установите R_HOME и R_USER, в качестве переменной среды

R_HOME = D:\Program Files\R\R-3.4.1
R_USER = Administrator 

Имя пользователя может быть получено echo %username% в cmd

3. Загрузите rpy2 и установите его

Загрузить rpy2 из http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/

Проверьте его путь и установите его в cmd как pip intall rpy2-2.8.6-cp36-cp36m-win_amd64.whl

4. Создайте ноутбук и посмотрите, работает ли он

import rpy2.robjects as robjects

# test : evaluating R code
robjects.r('''
        # create a function `f`
        f <- function(r, verbose=FALSE) {
            if (verbose) {
                cat("I am calling f().\n")
            }
            2 * pi * r
        }
        # call the function `f` with argument value 3
        f(3)
        ''')

Ответ 9

Проверьте этот документ установки, который я сделал по этой проблеме. https://www.academia.edu/12178754/rpy2Install

Этот каталог относится к настройке ArcGIS, но быстро к порту