Как указано здесь, можно изменить название проекта. Однако он меняет имя проекта и не изменяет структуру папок.
В качестве примера, если ваш проект называется sample1 и он находится в каталоге ~/user1/development/IdeaProjects/sample1, расположение папки не будет изменено на ~/user1/development/IdeaProjects/sample2, если вы измените имя проекта на sample2.