Что вы используете для привязки XML к Java? JAXB, Castor и XMLBeans - некоторые из доступных вариантов. Сравнений, которые я видел, все три или четыре года. Я открыт для других предложений. Особый интерес представляют маршаллинг /unmarshalling производительность и простота использования.
Уточнение: я хотел бы видеть не только используемую вами структуру, но и ваши аргументы в пользу использования одного над другими.